1、品种不同：花斑鱼是动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、慈鲷科、副丽鱼属的鱼类；花雕鱼是动物界、脊索动物门、硬骨鱼纲、慈鲷科的鱼类。

2、外形不同：花斑鱼是淡水鱼，身体呈银蓝灰色，腹部白色或微黄色，嘴大，下巴突出，犬齿大且突出，全身上下包括鱼鳍部份都布满著不规则斑点。眼睛和鳃盖边缘或多或少有黑色条纹，较大的雄鱼有尖尖的背鳍和臀鳍。花雕鱼最大体长为20cm，雄性花雕颜色较为鲜艳。

3、食物不同：花斑鱼具有肉食性，以其他鱼类、甲壳类、无脊椎动物为食，领地观念很强，很爱咬其他的鱼；花雕鱼会充分利用身体颜色装死，同时诱惑吃食尸肉的小鱼。