1、存在时间不同：理藩院存在于清朝，宣政院存在于元朝。

2、功能不同：理藩院是清朝统治新疆、回部、西藏等少数民族的最高权力机构，也管辖部分外交事务。宣政院是掌管全国佛教事宜和藏族地区的军务事务机构。

3、机构设置不同：理藩院设六司，分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令。宣政院下设同知、副使、参议金院各二人。